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安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班（学校）。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院，郭沫若先生题写校名。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年，省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。

截至2018年5月，学校占地总面积1171亩，有少荃湖、梅山路、史河路三个校区；教学科研仪器设备总值18907万元；图书馆藏书近200万册（其中纸质图书98.93万册），古籍部珍藏古籍线装书3.3万册；有全日制在校生14820人（其中博士生、硕士生1246人），有教职工3000多人（含附院）；有16个二级学院（部）（含3所直属附属医院）、5所非直属附属医院，开办24个本科专业；有3个一级学科博士学位授予点，5个一级学科硕士学位授予点、25个二级学科硕士学位授予点、5个硕士专业学位授权点，国内一流学科B类项目1个。

2010年开始与长春、福建2所中医药大学开展相互交流培养学生；设立大学生课外科技创新与创业基金；开展“百人获奖、千人参与、万人受益”的大学生知识技能竞赛和“挑战杯”等各级各类竞赛活动；广泛开展各类社会实践活动。2008—2013年学校共有学生200余人次在学术科技与创新创业领域获省部级以上表彰和奖励70余项（其中获全国大学生管理决策模拟大赛特等奖1次、全国“挑战杯”大学生创业计划竞赛三等奖1次、全国“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛三等奖2次）。2008年——2014年，学校毕业生平均就业率在94%以上，连续获得安徽省普通高校就业工作“先进集体”或“标兵单位”称号。

荣获中国教育在线授予2018高校大数据年度评选安徽省十佳口碑高校！